HomeSite позволяет объединять ресурсы, подлежащие включению в состав сайта (HTML-файлы, изображения, мультимедийные файлы) в единый проект. При этом совершенно не имеет значения, где физически расположены файлы ресурсов: в одной папке или в разных, на жестком диске локального компьютера или на дисках нескольких компьютеров, объединенных в сеть. После создания проекта HomeSite автоматически отслеживает его состояние и при внесении пользователем изменений в проект регистрирует эти изменения.
Автоматическое сопровождение проекта позволяет облегчить решение целого ряда задач. Например, HomeSite обеспечивает выгрузку файлов проекта на удаленный сервер с сохранением единой структуры проекта, что в дальнейшем позволяет достаточно просто переносить изменения, сделанные в локальной копии проекта, в удаленную копию. Кроме того, проект рассматривается как «единое информационное пространство» при выполнении операций поиска и/или замены фрагментов кода либо текстового содержимого страниц.